Celiakija velja za kronično sistemsko avtoimuno bolezen, pri kateri ima velik vpliv dedna nagnjenost, izpostavljenost glutenu in imunski odziv proti lastnim celicam.
Najpogosteje je prizadeto tanko črevo, pri katerem zaradi glutena lahko pride tudi do okvare sluznice črevesja, posledica pa je vidna pri pomanjkanju osnovnih sestavin hrane, pomanjkanju vitaminov in mineralov. Ko je govora o ‘preobčutljivosti’ na gluten, sem spadajo vsa zrna pšenice, ječmena, rži, pire in pri nekaterih bolnikih tudi ovsa.